时间序列数据是CHGIS项目的主要工作目标，希望能为用户提供中国历史行政区划连续变化数据，数据时间范围从秦始王统一六国，到清朝末年。每条GIS数据都有相应的文字考释和说明。目前共有6554个点数据，2665个面数据。其中厅县级5004个点，148个面；府州级1232个点，2016个面，省级312个点，490个面；政区级6个点，11个面。

清朝嘉庆二十五年（1820年）的主体数据是根据《中国历史地图集》第八册的地图直接数字化。该数据编制的目的是为了检验CHGIS项目的数据格式、定义以及数据编制中的一些技术问题。该数据中部分府界依据最新资料作了调整，同时苏南和浙北的8个府州依据其他资料作了扩充。目前共有10845个点数据，362个面数据。其中，县以下8661个点；厅县级1859个点；府州级301个点，320个面；省级24个点，32个面。

清朝宣统三年（1911年）数据是描述当时的基础地理状况。该数据编制的目的是为时间序列数据编制提供一个简便的数字底图。目前共有40298个点数据，1784个面数据。其中县级下38589个点；厅县级1422个点，1499个面；州府级270个点，267个面；省级17个点，18个面。